Přínosy podpory pro migrační politiku nejsou jasné, ministerstvo vnitra konkrétní dopady nesleduje. Vyplývá to z prověrky Nejvyššího kontrolního úřadu (NKÚ). Podle něj resort stanovil cíle jen obecně a bez ukazatelů, kterými by šlo doložit, co se zlepšilo. U prověřovaných projektů úřad zjistil řadu nedostatků, přičemž většinu z nich mělo odhalit ministerstvo už při hodnocení projektů a jejich výběru k podpoře, upozornili kontroloři. Ministerstvo v reakci uvedlo, že na vytvoření vhodného systému pro vyhodnocení efektivity podpory kontinuálně pracuje. Z prověrky podle něj vyplývá, že peníze na programy migrační politiky byly vynaložené zcela v souladu se zákonem.

Kontroloři zjistili, že některé oblasti nebude mít ministerstvo jak vyhodnotit. Například u integrace cizinců si nastavilo nekonkrétní cíle jako „podpořit nekonfliktní soužití s cizinci“ nebo „zajistit bezpečnost všech obyvatel ČR“. U vnější migrace směřující do EU má například cíl „boj proti nelegální migraci“. Peníze na projekty získaly jak státní instituce, tak i neziskové organizace. U kontrolovaných projektů ministerstvo podle NKÚ nepožadovalo, aby příjemci hodnotili jejich výsledky a přínosy. Příjemci dotací tak většinou sledovali jen výstupy, například počet osob, kterým byla poskytnuta pomoc. „Nezajímali se ale o to, zda a jak přispěly služby poskytnuté v rámci projektu například k integraci cizinců do společnosti. Ukázkou dobré praxe je naopak postup neziskové organizace, která zpětně ověřovala přínos svých služeb pro klienty, i když to po ní MV nepožadovalo,“ uvedli kontroloři.

Resort oponuje, že aktivity ministerstva vnitra jsou plně v souladu se zaměřením současné migrační a azylové politiky Evropské unie a jsou ze strany evropských partnerů velice oceňovány. „Program Pomoc na místě významně přispěl v letech 2015–2020 ke snižování migračních toků do Evropské unie. Bez poskytnuté pomoci by došlo k vzestupu nelegální migrace s pravděpodobnými dopady i na Českou republiku jako zemi ležící na východostředomořské a západobalkánské migrační trase,“ uvedla mluvčí ministerstva Hana Malá. Podle ní ministerstvo ve spolupráci s dalšími aktéry kontinuálně pracuje na vytvoření vhodného systému pro vyhodnocení efektivity vynaložených prostředků, například v oblasti integrace osob s udělenou mezinárodní ochranou nyní dokončuje systém indikátorů integrace.

U několika kontrolovaných projektů zaměřených na vnitřní bezpečnost zjistili kontroloři výrazné nedostatky. Například u společného komunikačního centra pro Policii a Celní správu ČR za 120 milionů korun se bez jasného odůvodnění opakovaně měnily náklady na jednotlivé položky. Podle NKÚ to ukazuje na nedostatečnou přípravu projektu a riziko nehospodárného vynakládání peněz státu. Podobný problém odhalili kontroloři i v případě rekonstrukce objektu v Havířově, který slouží pro ubytování žadatelů o mezinárodní ochranu. Cena rekonstrukce tak dosáhla v době kontroly 57 milionů korun, což představuje více než dvojnásobek původního rozpočtu. Ministerstvo ale uvedlo, že jak v případě společného komunikačního centra Policie a Celní správy, tak zařízení v Havířově došlo ke změnám projektu zcela v souladu s pravidly EU tak, aby byl výsledek co nejefektivnější a nejlépe odrážel potřeby.

Kontroloři dále upozornili na to, že ministerstvo také nesledovalo u podpořených aktivit k integraci cizinců průměrnou výši nákladů na jednoho klienta, například výuka českého jazyka vyšla na 2600 i na 6700 korun. I když jsou nároky jednotlivých klientů různé, mělo by mít ministerstvo podle NKÚ přehled o průměrných nákladech a být schopno porovnat projekty mezi sebou. „Navíc příjemci nemuseli sledovat skutečné náklady na jednotlivé aktivity v rámci projektů. MV od nich chtělo jen plánované náklady, které uváděli v žádosti o dotaci. Ministerstvo tak nemá podle čeho hodnotit efektivnost podpořených projektů,“ podotkli kontroloři. Podle ministerstva to ale není pravda. „Příjemci všech projektů musí podrobně sledovat a dokládat všechny uskutečněné výdaje, které následně podléhají několikastupňovým kontrolám ze strany ministerstva vnitra a ministerstva financí. V rámci fondů v oblasti vnitřních věcí nikdy nedochází k proplácení projektů na základě plánovaných nákladů,“ uvedla mluvčí.