Na základě Čurdova udání a následných výpovědí zadržených Ati Moravce a Hany Krupkové dospělo gestapo téměř s jistotou ke zjištění, že atentátníci se ukrývají v kostele v Resslově ulici. Podle hlášení velitele Waffen-SS v protektorátu, SS-Brigadeführera Carla von Treuenfelda, se ráno ve čtvrtek 18. června 1942 do kostela vydali úředníci bezpečnostní služby (ve skutečnosti úředníci gestapa) v doprovodu několika mužů z 28členného komanda Waffen-SS určeného k jejich ochraně. Mělo se tak stát po ukončení obkličování, tedy bezprostředně po 4.15.

Obklíčení místa předpokládaného úkrytu parašutistů bylo provedeno dvěma strážními řetězy: vnitřní uzávěru bloku domů, ve kterém se kostel nachází, tedy v ulicích Resslova (tehdy Resselgasse), Na Zderaze (Am Sderas), Na Zbořenci, respektive Odborů (tenkrát se i dnešní ulice Odborů jmenovala stejně jako ulice Na Zbořenci, Sderazer-Gäschen) a na západní straně Karlova náměstí (Karlsplatz) provedl Náhradní prapor SS Deutschland o údajné síle 307 mužů, který dorazil na Karlovo náměstí v nákladních automobilech od velitelství SS, umístěného v budově právnické fakulty v Pařížské (Norimberské) ulici, po trase Staroměstské náměstí – Václavské náměstí ‒ Vodičkova ulice (Aldstädter Ring ‒ Wenzelsplatz ‒ Wassergasse).

Vnější uzávěra, vedoucí ulicemi Spálená (Brenntegasse), Myslíkova (Myslikgasse), Masarykovým a Rašínovým nábřežím (Moldaulände), ulicí Trojanova (Trojan Gasse), zřejmě Václavskou pasáží nebo Václavskou ulicí (Wenzelsgasse) a ulicí Na Moráni (Schachleitergasse) a východní a severní stranou Karlova náměstí, byla zajištěna Strážním praporem SS Praha, který měl na místě mít 350 mužů. Tato jednotka dojela na místo z kasáren Adolfa Hitlera na Pražském hradě (bývalé Kadetky, dnes ministerstvo obrany) přes mosty Jiráskův (Dientzenhoferův) a Legií (Smetanův). Celkem bylo ovšem podle německých pramenů z řad obou jednotek SS nasazeno více lidí, než dává součet v literatuře uváděných počtů, a sice 19 důstojníků a 740 příslušníků mužstva. V daném počtu nejsou započítáni zasahující příslušníci uniformované policie.

Podle připomínek dr. Geschkeho, šéfa gestapa v protektorátu, k výše zmíněnému hlášení se ale provedení uzávěry vojáky SS zpozdilo a započalo až ve 4.25 místo ve 4.10. Úředníci gestapa nicméně svou akci odstartovali podle původního časového plánu. Podle tzv. Pannwitzovy zprávy (s odstupem několika měsíců sepsaná zpráva hlavního vyšetřovatele atentátu) prohledala blok budov přiléhajících ke kostelu zásahová jednotka komisaře Leimera v počtu 65 mužů. Jednotka, která vnikla přímo do kostela, byla snad patnáctičlenná a vedl ji přímo komisař Pannwitz. Podle hlášení velitele roty SS, ze které byl tvořen oddíl na ochranu úředníků gestapa, byli přiděleni vždy dva muži k pěti úředníkům a do kostela tak vstoupilo 10 (nebo snad 11) úředníků a čtyři vojáci.

Oddíl vstoupil do kostela vchodem ke kanceláři a bytu kostelníka z Resslovy ulice. Gestapo s sebou přivedlo spoutaného kaplana Petřeka, kterého zatklo již dříve v jeho bytě. Kostelníka Karla Loudu oddíl při vstupu zadržel. Následně byla rychle prohledána kancelář i kostelníkův byt a oddíl vstoupil dvěma dveřmi do chrámové lodi. Dvoje dveře jsou i na původním plánu kostela z Pannwitzovy zprávy, dnes je ovšem dispozice dveří do hlavní lodi změněna. Dveře v prostoru za ikonostasem po levé straně lodi při pohledu od hlavního vchodu zůstaly, ale druhé dveře, vedoucí do kostelníkova bytu, jsou dnes zazděné. Nacházely se v prvním oblouku lodi nalevo. Místo nich je dnes ve druhém oblouku proražen nový široký portál a vlevo od schodů na kůr se nachází výklenek pro knihovnu, který zřejmě za války také ještě neexistoval. Ve třetím oblouku jsou navíc ještě jedny nové dveře. Hlavní vchod do kostela v čele budovy oddíl gestapa nepoužil. Původní hlavní vchod v boční stěně lodi se tehdy již nepoužíval a byl uzavřen.

Před vstupem do kostelní lodi měl údajně dorazit i zbytek úderného oddílu z SS-Wachbataillon Praha, tedy dalších 24 mužů, kteří se do té doby účastnili prohledávání bloku domů s muži komisaře Leimera. Zásahu přímo v kostelní lodi se ovšem nezúčastnilo všech 28 vojáků; k původním čtyřem vojákům doprovodu se přidali ještě tři další. Vojáci, vyzbrojení samopaly a granáty, si vzali na mušku logické místo úkrytu případných protivníků – chrámový kůr a emporu, táhnoucí se podél kostelní lodi ve výšce osmi metrů. Úředníci gestapa prohledali kostelní loď v řádu minut, byla téměř prázdná a přehledná.

Pak obrátili svou pozornost k uzamčené mříži uzavírající točité schody na kůr. Tři muži, Adolf Opálka, Jan Kubiš a Josef Bublík, ukrytí na empoře a kůru, poté co se gestapáci a vojáci začali zajímat o mříží uzamčené schody na kůr a snažili se mříž odstranit, zahájili palbu. Nejednalo se ovšem o zdrcující smršť kulek ze samopalů s následkem rozprášení komanda gestapa a SS, jak ji popisují všechna filmová zpracování. Na to nebyli parašutisté vyzbrojeni, každý z nich měl jednu nebo dvě pistole malé ráže. I jejich zásoba munice byla velmi omezená, čítala nanejvýš dva zásobníky na zbraň a dohromady zřejmě dva, tři granáty. Vzhledem k tomu ve skutečnosti na úředníky gestapa a vojáky pouze několikrát vystřelili. Výsledkem bylo postřelení vrchního kriminálního asistenta Kurta Kahla do palce, další ztráty ani gestapo, ani SS při první střelbě nezaznamenaly.

Parašutisté žádný útok ani boj neočekávali, drželi zřejmě silnou, ale v dané době pro ně standardní noční hlídku – tři muži hlídali na kůru a empoře, kde bylo i podstatně tepleji, čtyři spali ve studené kryptě. Detailní hlášení o zbraních a vystřílené munici nalezené na empoře z německé strany chybí, ale v celém kostele se po akci našlo celkem deset pistolí a snad jeden revolver. Samopaly pak v kostele nebyly vůbec, nepatřily k obvyklé výbavě výsadků. Byly jimi vyzbrojeny jen skupiny s úkolem konkrétního útoku. Sten-Gun z výzbroje Anthropoidu zůstal na místě atentátu, samopaly skupin Bioscop a Tin byly ztraceny již při jejich vysazení.

Podle tradice následoval panický ústup gestapa a oddílu SS z kostela. To ovšem skutečnosti neodpovídá. Samopalníci SS podle německých pramenů pokryli útočníky od vchodů palbou a drželi je u země, aby nemohli mířit, což bylo ostatně ztěžováno i ranním příšeřím v kostele. Zábradlí kůru, prostřílené palbou, je toho svědkem dodnes. Úředníci gestapa použili granáty, které s sebou oddíl přinesl.

O granátech ještě řeč bude, v tuto chvíli je na místě poznamenat, že na vrchním patře kostela je dodnes kromě drobnějších střepinových poškození dochováno celkem sedm děr po jejich explozích: jedna v prknech kůru u okna do Resslovy ulice, další v cihlové podlaze empory – tři v prvním okně a v ústí chodby do okna druhého, jedna ve druhém okně, jedna ve třetím okně, jedna v chodbě do čtvrtého okna a poslední zcela na konci, ve čtvrtém okně v rohu. Všechny stopy po výbuších granátů se nacházejí směrem k oknům nebo zdem, z čehož lze vyvozovat, že granáty byly vrhány zdola z chrámové lodi, spíše než během následného postupu druhého úderného oddílu na empoře, o kterém ještě také bude řeč.

Německými prameny často uváděná skutečnost, že parašutisté se bránili rovněž použitím „bomb“, tedy spíše ručních granátů, je diskutabilní. Není doloženo, že by parašutisté v kostele nějaké bomby nebo granáty vůbec měli k dispozici, ačkoli německé prameny to opakovaně tvrdí. Faktem ale je, že ve shozu Anthropoidu se nacházely čtyři pěchotní obranné granáty Mills a šest perkuzních bomb, z nichž jedna byla použita při atentátu (jednalo se o upravený protitankový granát se zmenšenou náloží plastické trhaviny). Dále jeden vrhač bomb Tree Spigot s jedním nábojem (v podstatě malý minomet, bomba s plastickou trhavinou o váze 3 libry, tedy 1,5 kg) a 32 liber (16 kg) plastické trhaviny s příslušnými rozbuškami. Důkazy pro jejich použití v kostele nebo hlášení o nálezu jejich zbytků ovšem chybí, a kam se tento materiál poděl, není jasné. Je také možné, že se parašutistům podařilo některé granáty vržené Němci, v souladu s tím, jak o skutečnosti fabulují některá filmová zpracování, hodit z empory zpět do kostelní lodi.

Současně v reakci na zahájenou palbu došlo ke střelbě do kostelních oken z pater protějších dvou škol. Muži Waffen-SS, uvyklí frontovému boji, zřejmě když zahlédli postavu některého z parašutistů, spustili palbu z kulometů, nehledě na to, že jí ohrožovali svoje vlastní lidi v kostele. Střelbu nakonec zarazil velitel gestapa Geschke.

Úředníci gestapa ani doprovázející vojáci Waffen-SS z kostela tedy neuprchli ani neodnášeli desítky mrtvých a raněných. Celá přestřelka, ve filmech znázorněná jako regulérní frontový boj, měla podle německých pramenů poněkud jinou podobu. Němci měli situaci pod kontrolou, vojáky ani příslušníky gestapa nemohlo pár ran z malokaliberních pistolí zásadně ohrozit, okolí bylo obklíčeno osmi stovkami ozbrojených mužů. Vojáci se samopaly stříleli na kůr a emporu, kdykoli se tam něco pohnulo, gestapáci nahoru vrhali granáty a tři v podstatě téměř bezbranní parašutisté s pistolemi v rukou, kryjící se v tunelech empory, občas vykoukli dolů a podle odhadu vystřelili na postavy, zahalené šerem a kouřem z explozí.

Jeden z nich zaujal stanoviště nad krátkými schody vedoucími z kůru ještě výše k malým, již tehdy zazděným dvířkům. Odtud ostřeloval shora schodiště při následujícím pokusu úderných oddílů o proniknutí na kůr. Zde potom zasáhl jednoho z vojáků do přilby. V rozporu s akčními filmovými zpracováními se obránci nepokusili schody zabarikádovat nábytkem. Z fotografií kůru po boji je zřejmé, že na něm zůstal bez povšimnutí stát zpěvácký pultík, lavice, tři převržené židle a další materiál. Další židle a jiný materiál parašutisté podle fotodokumentace použili jako překážky na samotné empoře při její poslední zoufalé obraně. Fotografie vyústění schodů do kostelní lodi naopak nevykazují žádné hromady materiálu odklizeného z rozebrané barikády, kolem vypáčené mříže se nenachází naprosto nic. O barikádě na schodech se ostatně nezmiňuje ani žádný německý pramen.

Němci neměli v této fázi boje kromě lehce postřeleného úředníka Kahla žádné další raněné, a už vůbec ne mrtvé. Německé interní prameny raněné přesně evidují, včetně jmen a formy zranění. Ale oddílu došly ruční granáty. Pannwitz tedy poslal jednoho z vojáků ven, aby přinesl další.

Celý zásah proti kostelu se ale nesl v duchu řevnivosti mezi úředníky gestapa a veliteli Waffen-SS. Obě strany měly dojem, že tady velí ony, a vzájemně sebou pohrdaly. Gestapáci se pokoušeli dopadnout parašutisty živé, kdežto vojákům na tom až tolik nezáleželo a snažili se je prostě eliminovat. Místo granátů se tedy voják vrátil do kostela s příkazem, aby šel Pannwitz ven k von Treuenfeldovi, veliteli SS v protektorátu. Tam mezi nimi došlo k dohadům o velitelské kompetence a způsobu, jakým má zásah probíhat. Ve sporu měly navrch SS a pro následující zásah sestavili důstojníci ze zkušených vojáků úderný oddíl, který měl parašutisty zlikvidovat. Zbytečné dohady zabraly asi půl až tři čtvrtě hodiny. Gestapáky v civilním oděvu bez označení a bez dostatečné výzbroje pak vojáci z kostela prakticky vyhodili s odůvodněním, že by si je mohli splést s „agenty“.

Do akce tedy nastoupil druhý oddíl, tentokrát oddíl úderný z Náhradního praporu SS Deutschland. Boj o kůr a emporu trval přibližně dvě hodiny, asi do sedmi ráno. Síla druhého oddílu nebyla nijak velká, což je vzhledem k prostorovým možnostem pochopitelné. Podle von Treuenfeldova hlášení se jednalo pouze o sedm vojáků, jimž velel SS-Unterscharführer Teix. Po asi dvou hodinách boje byly kůr i empora dobyty, tři obránci zneškodněni, na straně úderného oddílu nedošlo k žádným ztrátám. Opálka během boje zemřel poté, co po zranění explozemi granátů spáchal sebevraždu polknutím jedu a výstřelem do spánku, který musel vypálit zlomenou pravačkou.

Bublík, zraněný ještě fatálněji (měl kromě menších ran v podstatě vraženou levou holeň do chodidla), spáchal sebevraždu rovněž výstřelem z pistole, ale zemřel až následně během převozu do nemocnice.

Kubiš, který také utrpěl následkem explozí granátů těžká krvácivá zranění, upadl do bezvědomí a sebevraždu už spáchat nestačil. Na následky vykrvácení zemřel také až po boji v podolském lazaretu SS, aniž nabyl vědomí.

Padlý Opálka byl na chrámovém koberci vynesen na chodník ve Václavské ulici, kde jeho tělo identifikoval Karel Čurda. Kubiš s Bublíkem po smrti v lazaretu SS tam byli podrobeni identifikaci opět Čurdou a Aťou Moravcem. Poté Němci jejich těla kolem poledne odvezli do Václavské ulice, kde už bylo dobojováno a na chodníku leželo všech pět ostatních padlých. Tam Kubišovo tělo již podruhé – po ranní identifikaci v lazaretu – Čurda identifikoval. Aťa Moravec na obou místech údajně poznal jak Kubiše, tak Bublíka. K identifikaci gestapo přivezlo i některé zadržené odbojáře, jako třeba manžele Krupkovy.

Čtyři parašutisté v kryptě, Jozef Gabčík, Josef Valčík, Jan Hrubý a Jaroslav Švarc, byli dosud odsouzeni do role nedobrovolných diváků. Po více než dvě hodiny slyšeli hluk boje pár metrů nad sebou, slyšeli výstřely a exploze granátů. Věděli, že ti tři nahoře podstupují svůj poslední boj. A poté výstřely a výbuchy ustaly, bylo slyšet jenom dupot, hovor a výkřiky. Bylo jasné, že kamarádi jsou po smrti. Ale ještě nebylo jasné, jestli to čeká i ty čtyři ostatní.

O skutečnosti, že se v prostorách kostela nacházejí ještě další parašutisté, Němci už v té době ale věděli. Jednak jim bylo již od noci známo, že kostel má podzemní prostory, a jednak na kůru nalezli po boji ještě jeden oblek. Po následném surovém nátlaku o existenci krypty a přítomnosti parašutistů v ní vypověděl zatčený kaplan Petřek. Ukázal Němcům malý otvor, krytý kamennou deskou, kterým do krypty parašutisté vstupovali. Deska byla vyzdvižena a Petřek a snad i farář Čikl byli Němci donuceni vyzvat obránce, aby se vzdali. Je otázkou, zda tak skutečně učinil i Čurda. Ten byl v dané době stále ještě jen spolupracujícím vězněm, nikoli otevřeným kolaborantem, a na místo ho přivezli v železech, připoutaného k Aťovi Moravcovi. Odpověď čtyř mužů lapených v kryptě byla zřejmě opravdu tak emotivní, jak prameny dokládají. Na opakované výzvy měli odpovědět „Nikdy“ a „Češi se nevzdávají“, což doprovodili několika výstřely z pistolí.

Němci tedy změnili taktiku. Průnik úzkým otvorem, který mohli obránci krypty bez problémů ostřelovat, byl nerealistickou variantou, hrozící velkými ztrátami. Otvor opět zakryli poklopem a pozornost zaměřili na větrací okénko vedoucí skrze kostelní zeď do ulice. Nejprve přivolaným českým hasičům přikázali, aby vylomili mříž zasazenou v okénku. To šlo docela lehce, mříž vypadla v podstatě sama. Následně hasiči proti okénku postavili a rozsvítili dva světlomety. Jeden z obránců krypty stojící na žebříku, původně sloužícímu k přístupu skrze otvor v podlaze kostelní lodi, ale spustil okénkem palbu a vyhodil na chodník zápalnou láhev s lihem do vařiče. Jeden světlomet prostřelil, druhý obsluhující hasiči postříkaní hořícím lihem opustili a utekli do bezpečné vzdálenosti. Poté vojáci SS z protějších budov, kteří i podle mínění úředníků gestapa nešli pro ránu daleko, palbu opětovali. Právě z tohoto momentu pocházejí vstřely kolem okénka krypty. Palba ovšem nikoho z obránců nezranila a Němci jí vzápětí zastavili.

Následovala snaha kryptu vytopit. Na rozkaz Němců hasiči do okénka nasadili dvě hadice a obě pumpy v hasičských vozidlech začaly hnát dovnitř vodu. Obráncům se podařilo jednu z hadic vystrčit ven pomocí žebříku. Hasiči hadice zastrkovali zpátky, snažili se je přidržovat lopatami a krumpáči, některé z nichž obránci prostřelili. Z okénka vylétla druhá láhev s hořícím lihem a rozbila se na chodníku. Pak se jednomu z hasičů podařilo žebřík, jímž obránci vystrkovali hadice, zachytit hákem.  Nato žebřík vytáhli ven a od té chvíle se obránci krypty nemohli už v podstatě nijak bránit, protože větrací otvor je oproti úrovni podlahy krypty poměrně vysoko.

Němci házeli okénkem po celou dobu dovnitř bombičky se slzným plynem, některé z nich obránci údajně vyhodili zpět. Hasiči na příkaz Němců tedy zabednili větrací okénko, aby plyn neunikal, ale obráncům se podařilo bednění vyrazit. Údajně vojáci dovnitř vhazovali i tříštivé granáty, účinek se však stále nedostavoval. Třebaže v kryptě, větrané pouze malým okénkem, přes které probíhal boj, muselo být velmi nedýchatelno, obránci se nevzdávali. I přes větrací okénko vyzývali Němci obránce krypty, aby se vzdali. Odpovědí byl ale jenom jejich smích.

Voda hnaná dovnitř čerpadly nestoupala tak rychle, jak Němci předpokládali. Za nějakých 40 minut, kdy pumpy hnaly vodu do krypty, dosáhla hladina asi 90 centimetrů. Navíc z německé strany panovala obava, že voda může z krypty, o níž se domnívali, že je nepřehledným labyrintem chodeb, někudy unikat. Voda skutečně unikala, protože podle výpovědi hasiče Karla Novotného, který pomáhal bezprostředně po boji vynášet mrtvé parašutisty, jí bylo v kryptě už jen asi 30 centimetrů. Dnes již víme, proč tomu tak bylo. Pod podlahou krypty byl při stavbě samozřejmě vybudován drenážní systém, jenž měl zajistit odvod vody při případném zaplavení přívalovými dešti. Trhlina vedoucí do tohoto systému, kterou voda rychle unikala, se v kryptě dochovala dodnes.

V tuto chvíli převzal iniciativu von Treuenfeld, který se opět pohádal s Pannwitzem ohledně kompetencí a způsobu vedení akce. Znejistělý a uražený Pannwitz se přes svůj nesouhlas podvolil. Von Treuenfeld usoudil, že dosavadní způsob dobývání je zdlouhavý a k ničemu nevede a že kryptu je třeba dobýt vojenským způsobem, vstupem úderného oddílu malým otvorem z kostelní lodi. Hasiči dostali rozkaz přestat pumpovat do krypty vodu, a naopak z ní vysát slzný plyn. Větrací okénko tedy utěsnili matrací a pomocí odsavače kouře vzduch v kryptě vyčistili.

Von Treuenfeld sestavil pro průnik do krypty další, již vlastně třetí úderný oddíl. Tentokrát do něj byli vzhledem k nebezpečnosti akce pozváni pouze dobrovolníci z obou zúčastněných jednotek. Celkem měl oddíl 15 mužů, kterým velel SS-Oberscharführer Glöckler z Náhradního praporu SS Deutschland. Tento oddíl je zachycen na známé fotografii pořízené po boji před dnešní restaurací U Parašutistů.

Co se přesně dělo při pokusu o průnik do krypty, je poněkud nejasné. Přímých svědků nebylo mnoho a většina těch, kdo o akci následně psali hlášení, samotnou akci uvnitř kostela neviděli na vlastní oči. Hasiči dostali za úkol dopravit do kostela zásahový žebřík s háky a světlomet, který namířili na vstup do krypty. Po žebříku se pak úderný oddíl pokusil dostat do temné, prachem a zbytky slzného plynu naplněné prostory, ve které stála voda. Podařilo se to snad třem z nich. Obránci na ně samozřejmě spustili palbu, kterou vojáci opětovali. Zásahy německých samopalů na stěně krypty se také dochovaly dodnes. Obránci se ale na rozdíl od esesáků měli kde krýt, ve stěnách krypty byly po celé délce hluboké pohřební tumby. SS-Oberschütze Michael Schinke, dvacetiletý etnický Němec z Varšavy, který se k oddílu dobrovolně připojil bez vědomí svého nadřízeného, byl lehce poraněn na oční rohovce pravého oka pravděpodobně úštěpkem zdiva. SS-Unterscharführer Ostermeier utrpěl průstřel stehna a po následném kvapném ústupu útočného oddílu jej převezli do lazaretu.

Vojácky přímý postup o dobytí krypty tedy selhal, třebaže naději na úspěch paradoxně měl. Obráncům krypty již zřejmě docházela munice, což ovšem zasahující vojáci vědět nemohli. Nikde není potvrzeno, že si čtyři obránci krypty nechali pouze jeden poslední náboj pro sebe, ale vzhledem k již zmíněné možné zásobě munice, kterou měli k dispozici, a přes dvě hodiny trvající obranné palbě je jasné, že mnoho prostředků k obraně jim již nezbývalo.

Silným momentem obrany krypty je údajný pokus parašutistů prokopat se do kanalizace a touto cestou uniknout, což má potvrzovat otvor v jižní zdi krypty směrem pod chodník Resslovy ulice. Problém této legendy spočívá ve skutečnosti, že ani jeden z německých pramenů se o podobném pokusu ani o otvoru samotném nezmiňuje ani slovem, ani obrazem. Kdyby gestapo usoudilo, že se parašutisté snažili z krypty prokopat, jistě by se o tom neopomnělo zmínit v nějaké ze zpráv nebo hlášení. Jediné zmínky se ale týkají předem předpokládané možnosti, že by se podobným způsobem parašutisté o únik pokusit mohli. To byl i důvod skutečnosti, že kostel obklíčily dokonce dva strážní řetězy, přičemž vnější z nich sahal až k Vltavě, do níž ústily odpadní stoky a kanály.

Muži v kryptě by asi těžko začali s pracným a poněkud nesmyslným kopáním před obklíčením, protože se v podzemí cítili v relativním bezpečí. Pro případ nenadálého odhalení běžnou kontrolou měli v kostelníkově bytě vysazenou okenní mříž a zásah stovek vojáků samozřejmě neočekávali. Pokud by začali kopat až během obklíčení, je třeba vzít v potaz, že se díra nachází téměř přímo pod větracím okénkem z ulice, přes které byla krypta dobývána, a při případném kopání by tak parašutistům na hlavy padaly slzotvorné bombičky, možná i granáty, a stříkaly proudy vody z hasičských hadic. Otvor ve zdi krypty zřejmě vznikl z nejasných důvodů již dříve. Ostatně tato legendární díra ve zdi není v kryptě jediná. Druhá, rozměry i způsobem provedení velmi podobná, se nachází vpravo od vstupního schodiště. Protože ale nevede směrem k chodníku, nikdo jí nevěnuje pozornost.

Nastala poslední fáze boje. Němcům došlo, že těla pohřbívaných mnichů se kdysi musela do krypty nějak dostávat, a vzápětí objevili kamennou desku před ikonostasem, kryjící schodiště. Kdo vydal rozkaz k jejímu rozbití, není z německých pramenů jasné, nicméně jak z hlášení gestapa, tak SS vyplývá, že toto poslední řešení bylo zvoleno jako jediné možné. Další oblíbenou národní fámou je totiž údajná „vlastenecká lež“ protektorátních hasičů, kteří prý prohlásili, že tuto kamennou desku se nepodaří rozbít dřív než za několik hodin. Tím se měli snažit pro parašutisty získat čas, otázka je ovšem na co, když jejich situace byla jasně beznadějná. Následně desku údajně Němci odstřelili výbušninami za několik minut.

Podle hlášení velitele gestapa zněla ale odpověď velitele hasičů na dotaz tak, že pokud by neměla deska být rozbita, vyžádalo by si její odstranění tři až čtyři hodiny, ovšem její rozbití by trvalo 10 až 15 minut. Němci se samozřejmě rozhodli pro druhou variantu, ale nikoli prostřednictvím výbušnin. O tom, že deska byla vůbec rozbita a jak k tomu vlastně došlo, se závěrečná Pannwitzova zpráva překvapivě nezmiňuje ani slovem a o výbušninách hovoří komisař Pannwitz teprve ve svých faktograficky diskutabilních memoárech, sepsaných s odstupem čtrnácti let. Proti fámě o výbušninách jasně hovoří dokumentační fotografie schodiště pořízené po akci gestapem. Jsou na nich viditelné hromádky suti z rozbité desky, které by se jinak samozřejmě rozlétly po celém kostele.

Rozbití desky dostali tedy na starost protektorátní hasiči, kteří během deseti minut úkol za pomoci bouracího nářadí splnili. Úlomky desky se dílem svalily dolů po schodech, dílem byly vytaženy na podlahu chrámové lodi, jak je patrné z dokumentačních fotografií pořízených po boji. Tím bylo po všem, následnému útoku po schodišti obránci krypty, kteří zůstali v podstatě bez prostředků, odolat nemohli. Po rozbití desky, nebo snad ještě během práce se zdola ozvalo několik výstřelů. Mohlo být nějak po půl jedenácté, přesný čas prameny nezaznamenaly.

K žádnému dalšímu boji už nedošlo, úderný oddíl, který do krypty vzápětí vtrhl, našel obránce již mrtvé, pravděpodobně v pohřebních tumbách. Všichni čtyři spáchali sebevraždu výstřelem z pistole do spánku. Švarc se stejně jako Opálka ještě pojistil polknutím pilulky kyanidu. Nikoho z nich se Němcům během boje nepodařilo ani zranit. Němci neměli během všech fází boje žádného padlého. Raněni, a to lehce, byli jen dva vojáci Waffen-SS a jeden úředník gestapa, třetí voják byl pouze dočasně otřesen zásahem do přilby.

Vojáci tahali padlé bezohledně za nohy ven, zatímco hasiči dostali za úkol odčerpat z krypty zbývající vodu. Mrtvé pak v kostelních kobercích odnesli na chodník na rohu Resslovy a Václavské ulice, kde je postupně položili vedle padlého Opálky v jakési parafrázi na poslední leč po úspěšném lovu, a podrobili je identifikaci prvními svědky – Čurdou, Gerikem, Aťou Moravcem nebo Krupkovými. Nad padlými stál triumfálně rozkročený K. H. Frank. Těla Kubiše a Bublíka byla přivezena z lazaretu SS až později, kolem poledne, a nakonec zřejmě nechalo gestapo z Ústavu soudního lékařství přivézt i tělo mladého Jana Milíče Zelenky, který spáchal sebevraždu jedem již včera, ale jehož identitou si nebylo jisto.