Rekonstrukce muzea trvala přes čtyři roky a hlavním záměrem bylo budovu přizpůsobit nejmodernějším trendům v muzejnictví, ale zachovat památkovou ochranu objektu, který reprezentuje moderní funkcionalistickou architekturu období první republiky. Rekonstrukce nejen respektovala původně navržené hmotové řešení budovy, ale nové prvky byly řešeny tak, aby celou koncepci nijak nenarušovaly.
Historie vojenství na našem území je nově představena v sedmi částech výstavní expozice. Ta první je věnována období od „úsvitu dějin“ až do roku 1740. Seznámit se zde tak lze například s bitvou u Kresčaku, husitskými válkami či dobou třicetileté války.
Druhá část představuje období od nástupu Marie Terezie na trůn v roce 1740 až do vypuknutí první světové války v roce 1914. Součástí expozice je unikátní prostor tzv. klenotnice, v níž jsou vystaveny exkluzivní historické zbraně.
Třetí část expozice pak logicky navazuje dobou první světové války. V této části jsou samozřejmě připomenuty i legie a vznik samostatného Československa.
S třetí částí je úzce propojena část čtvrtá, kde lze díky speciálním interaktivním postupům dokonce vstoupit do zákopů.
Pátou částí expozice je doba první republiky, která v našich dějinách patří právem k vrcholným letům. Část této expozice je věnována československému zbrojnímu průmyslu, a je zde tak možno spatřit prototypy či unikáty pěchotních zbraní, významné exportní zbraně – lehké kulomety, pušky –, v modelech jsou pak představeny tanky a děla.
Šestá část pak mapuje nejmenší časový úsek pouhých deseti let 1938–1948, ale s ohledem na události, k nimž v této době došlo, je pochopitelně nejrozsáhlejší. Expoziční prostor je důmyslně rozdělen do dvou podlaží. K vidění tu jsou třeba pumovnice i střeliště z německých bombardérů, osobní předměty Josefa Mašína, Václava Morávka a Josefa Balabána či celá část věnovaná tématu útoku na Reinharda Heydricha v roce 1942. V této části expozice je k vidění téměř sto stejnokrojů z mnoha bojujících armád, leckdy po nejvýznamnějších představitelích československého odboje i jejich oponentů. A samozřejmě stovky nejrůznějších zbraní či vyznamenání.
Závěrečná, sedmá část zobrazuje období posledních více než sedmdesáti let a je rozčleněna do dvou částí: éry komunistické vlády 1948–1989 a poté od roku 1989 do současnosti. Celá sekce vrcholí ukázkou života našich vojáků v Afghánistánu, jde o věrné zobrazení ubikace a kanceláře s figurínami vojáků v životní velikosti. Tuto část i celou sekci pak uzavírá vojenská kaple jako vzpomínka na padlé vojáky.